Na podporu výskumu BMC SAV, v. v. i. slúžia rôzne špecializované laboratóriá a pracoviská, z ktorých viaceré ponúkajú služby pre odbornú alebo širokú verejnosť. Patria medzi ne:
- Výskumná klinika
- Biotechnologické a analytické laboratóriá
- Laboratórium diagnostiky a prevencie rickettsiových a chlamýdiových nákaz
- Výkonné laboratórium Národného referenčného centra pre surveillance a laboratórnu diagnostiku rickettsióz
- DIABGENE Laboratórium DNA diagnostiky
- Cytoanalytické laboratórium
- BSL3 laboratóriá
- Laboratórium rádiobiológie
- Laboratórium biozobrazovania
- Rádioizotopové laboratórium
- Laboratórium bioinformatiky
- Laboratórium histopatológie
- Centrum pre manažment obezity
- Centrum pohybovej aktivity
- Chovný a experimentálny zverinec pre imunodeficientné myši
- Zverinec Virologického ústavu BMC SAV
- Zverinec pri Neurobiologickom ústave BMC SAV v Košiciach